Souhrn:
Jednonukleotidové polymorfismy (SNPs) se nacházejí v lidském genomu s frekvencí jednoho polymorfního místa na
1000 bp. Proto SNPs představují nejběžnější formy polymorfismů lidského genomu a jsou často využívány jako genetické
markery v populačních studiích. Technologie LabMAP Luminex představuje univerzální čipovou platformu založenou
na využití fluorescenčně značených polystyrenových mikrosfér, které slouží jako nosiče pro oligonukleotidové
sondy. Systém LabMAP Luminex umožňuje detekovat 100 různých genových lokusů v rámci jednoho vzorku. Firma
Marligen vyvinula kit SNP-Y Identification System pro analýzu SNPs lokalizovaných na Y chromosomu s použitím
přístroje Luminex. Kit umožňuje detekovat 43 SNPs včetně lokusu pro amelogenin, který je zahrnut jako marker pro
ověření pohlaví. Tímto kitem jsme testovali 30 mužů z jižních Čech a Moravy (15 mužů z Jindřichova Hradce a 15 mužů
z Třebíče). Do souboru byli zařazeni nepříbuzní muži, jejichž otcové se narodili v příslušném regionu.
Genomická DNA byla izolována z periferní krve mužů. Sledované polymorfní lokusy byly amplifikovány multiplex PCR
a fluorescenčně značeny. Značené PCR produkty byly následně hybridizovány s alelicky specifickými sondami imobilizovanými
na povrchu mikrosfér. Směs hybridizovaných mikrosfér byla analyzována přístrojem Luminex 100 System,
který kvantifikuje integrální intenzitu fluorescence ve vzorku.
Cílem této studie byla optimalizace technologie Luminex pro analýzu SNPs polymorfismů a stanovení haploskupin na
základě detekovaných SNPs u vybraných mužů. Tyto haploskupiny mohou vypovídat o původu a stáří populace,
migračních směrech, historických událostech atd. Z celkového počtu 42 SNPs byly zjištěny různé alelické frekvence
u 10 polymorfismů. Pro SNPs M45, M207 byly pozorovány podobné četnosti obou alel. V polymorfismech M42, M94,
M168 byla u všech mužů nalezena pouze odvozená alela. U ostatních SNPs byla detekována vždy původní alela. Ve
vzorcích z Třebíče bylo stanoveno 6 různých haploskupin, zatímco ve vzorcích z Jindřichova Hradce byly určeny pouze
4 haploskupiny. V obou skupinách převládala haploskupina R, charakteristická pro Evropu a severozápadní Asii.
Klíčová slova:
Luminex, mikrosféry, SNP, Y-chromosom, Třebíč, Jindřichův Hradec.