Již od narození přichází jedinec do kontaktu s řadoumikroorganizmů, které významně ovlivňují jeho imunitní systém. K osídlení slizničních povrchů, zejména trávicího traktu, bakteriemi dochází v prvních dnech a měsících po porodu, zatímco prenatálně je střevní trakt zcela sterilní. Bakterie se podílejí na ovlivnění alergického zánětu dvěma základními mechanizmy. Na jedné straně mohou působit jako iniciátoři alergického zánětu, na druhé straně dokáží jeho rozvoji bránit. Mezi negativní faktory, které mohou být spouštěčem alergického procesu, patří superantigeny, zejména bakteriální enterotoxiny. Mezi preventivní faktory lze řadit vliv mykobakteriálních antigenů, intestinální mikroflóry, určitýchmolekulovýchmotivů spojených s patogenitou (pathogen-associated molecular patterns), a CpG motivů, které jsou obsaženy v bakteriální genomové DNA. Pohled na funkci lipopolysacharidu gram-negativních bakterií ve spojitosti s alergickým zánětem je poněkud dvojsečný. Lipopolysacharid se v patogenezi alergického zánětu uplatňuje jako faktor ochranný v případě, kdy předchází infekce delší dobu expozici alergenu. Naopak krátký časový interval mezi infekcí a expozicí alergenu u již senzibilizovaného jedince vede k významnému zhoršení alergických projevů. Tyto a další faktory jsou zvažovány v souvislosti s hygienickou hypotézou a funkcí T regulačních lymfocytů, které se zdají být klíčovým faktorem pro udržení rovnováhy mezi Th1 a Th2 lymfocyty.

        Klíčová slova: alergie, bakterie, astma, atopická dermatitida.